Do historii przechodzi silnik 1.2 MPI o mocy 75 KM, który już nie otrzyma bezpośredniego następcy. Obecnie podstawową jednostką napędową w Skodzie Rapid będzie 1.2 TSI (EA288) o mocy 90 KM, który będzie współpracował z pięciostopniową skrzynią manualną lub sześciostopniowa DSG.
Zmodyfikowana została także gama jednostek wysokoprężnych. W ofercie znalazł się silnik trzycylindrowy 1.4 TDI o mocy 90 KM, który znamy już z trzeciej generacji Fabii. Zastąpi on dotychczas montowany czterocylindrowy silnik 1.6 TDI o tej samej mocy.
Aktualna gama jednostek napędowych Skody Rapid to: czterocylindrowe silniki benzynowe 1.2 TSI o mocy 90 KM, 1.2 TSI o mocy 110 KM i 1.4 TSI o mocy 125 KM oraz trzycylindrowe silniki wysokoprężne 1.4 TDI o mocy 90 KM i czterocylindrowe 1.6 TDI o mocy 116 KM.