W tym okresie powstało 1 900 000 egzemplarzy. Francuski zakład budowano z myślą o produkcji 150 000 aut rocznie, ale zapotrzebowanie rynku spowodowało podwyższenie tej granicy do 270 000 egz., co oznacza, że nowy samochód zjeżdża tutaj z taśmy co minutę. Zakład TMMF może produkować na trzy zmiany i taki system obowiązywał od maja 2004 do marca 2005 oraz od lutego 2006 do lipca 2010 r.
Toyota Yaris miała premierę w 1999 roku. Design pierwszej generacji powstał w europejskim studio ED2 Sotiris Kovos, a nazwa nie ma odpowiednika w żadnym języku. Trzycylindrowy silnik 1,0 VVT-i (65 KM ) otrzymał nagrodę Engine of the Year 1999. Prócz niego dostępne były w ofercie jednostki: 1,3 VVT-i (86 KM), 1,5 VVT-i (106 KM) i turbodiesel 1,4 D-4D (75 KM). Sportowy Yaris TS miał pod maską 1,5 Turbo o mocy 150 KM. W 2003 pierwsza generacja przeszła facelifting, a swoją europejską karierę zakończyła trzy lata później wraz z nadejściem następcy.
Druga generacja Toyoty Yaris wydłużyła się o 17 cm (3785 mm) oraz otrzymała o 8 cm (2,46 m) większy rozstaw osi. Poprawiło się też bezpieczeństwo, co znalazło odzwierciedlenie w testach zderzeniowych EuroNCAP, w których przyznano 5 gwiazdek. Dostępne w ofercie silniki to: 1,0 VVT-i (69 KM), 1,3 VVT-i (87 KM), a od faceliftingu w 2009 także 1,33 Dual VVT-i (101 KM) i turbodiesel 1,4 D-4D (80 KM). Krótko sprzedawany Yaris TS miał silnik 1,8 VVT-i o mocy 133 KM.
Obecnie kariera drugiej generacji Toyoty Yaris zbliża się powoli do końca, a następca, który już był prezentowany w Japonii jako Toyota Vitz, czeka na europejską premierę. Wraz z nadejściem trzeciej generacji możemy spodziewać się również wersji z napędem hybrydowym, którego produkcję potwierdzono w Valenciennes od 2012 roku.