Spór, który odbywał się przed sądem Unii Europejskiej miał związek z podpisaną przez AWSA ze Skarbem Państwa w 1997 r. umową koncesyjną na budowę i eksploatację autostrady płatnej A2 Nowy Tomyśl - Konin. Gdy w 2005 roku, w wyniki zmian w prawie, zniesiono podwójne opłaty na autostradach płatnych, przyznając prawo do wolnego przejazdu po tych drogach kierowcom pojazdów ciężarowych posiadających ważną winietę. W wyniku tej zmiany, Skarb Państwa zdecydował się zrekompensować straty koncesjonariuszom, w tym spółce Autostrada Wielkopolska. Rekompensaty wypłacano do 2011 roku
Okazało się jednak, że dane przedstawione przez AWSA i wykorzystywane do wyliczenia rekompensat były nieprawidłowe. AWSA nie zwróciła nadpłaty, Polska wystąpiła zatem do Komisji Europejskiej, która wszczęła postępowanie w tej sprawie. W ocenie KE, miała miejsce niezgodna z prawem UE pomoc państwa, ponieważ doszło do wypłaty rekompensaty wyższej niż uzasadniona wprowadzoną zmianą prawa. Komisja Europejska zdecydowała zatem, że AWSA powinna zwrócić nadpłacone przez Polskę pieniądze - w marcu 2018 roku było to 1,38 mld zł.
AWSA decyzję tę zaskarżyła do sadu UE, który uznał, że Komisja nie popełniła zarzucanych jej przez AWS uchybień przy wydawaniu zaskarżonej decyzji i oddalił skargę. Teraz wyrok sądu UE może być zaskarżony do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Wyrok ten potwierdza jednak ustalenia KE oraz argumenty prezentowane w imieniu Polski przez Ministerstwo Spraw Zagranicznych, przy współpracy z Ministerstwem Infrastruktury, Generalną Dyrekcją Dróg Krajowych i Autostrad oraz z Urzędem Ochrony Konkurencji i Konsumentów.