Phaeton, jako okręt flagowy marki Volkswagen, został wyposażony w nowe rozwiązania technologiczne. Należy do nich całkowicie nowa generacja układu sterowania systemami multimedialnymi - z dotykowym ekranem i aż 1000 W mocy muzycznej oraz gama niezwykle wydajnych i mocnych silników, które spełniają normy emisji spalin Euro 5. Jednostka V6 TDI, zamontowana w udoskonalonym Phaetonie, zużywa średnio tylko 9,0 litrów oleju napędowego.
Najnowsze systemy multimedialne (RCD 810 i RNS 810), wyposażone w 8-calowe ekrany dotykowe, oferują bardzo rozbudowane funkcje, jeszcze szybszy dostęp do informacji i całkowicie intuicyjną obsługę.
Kolejnym nowym rozwiązaniem zastosowanym w Phaetonie, jest układ obsługi standardowego automatycznego czterostrefowego systemu klimatyzacji. RCD 810 lub RNS 810 i układ sterowania klimatyzacją wykorzystują wspólny moduł w części konsoli środkowej. Sama konsola ma teraz całkowicie nowy wygląd. W ramach wyposażenia opcjonalnego, system radionawigacyjny RNS 810 może zostać wzbogacony o nowy, profesjonalny 1000-watowy system nagłośnieniowy wyprodukowany przez duńskiego specjalistę Hi-Fi, firmę Dynaudio.
Nowości na rok 2009 dotyczą również mechanizmu napędowego. Nowym silnikiem jest znacznie wydajniejszy, benzynowy silnik V6 z bezpośrednim wtryskiem paliwa (FSI) o mocy 280 KM (206kW). Wspólną cechą dla wszystkich czterech silników benzynowych oraz diesla od 240 KM - 450 KM (176kW do 331 kW) jest fakt, że wszystkie jednostki spełniają wymogi nowej normy emisji spalin Euro 5.
W Phaetonie zmieniła się atrapa chłodnicy, do oferty wprowadzono 3 nowe kolory nadwozia ("Silver leaf metallic", "Beryllium gray metallic" i "Mocca-anthracite pearl effect") oraz trzy nowe rodzaje aluminiowych felg (17, 18 i 19 cali). Użytkownik ma także do wyboru nowy kolor skórzanej tapicerki - "Corn silk beige". Dotychczasowe czerwone podświetlenie przełączników zastąpiono białym. Phaetona wyposażono także w kamerę cofania (Rear Assist).