Opracowując nowy model, Peugeot sięgnął po silnik TU5JP4 o pojemności 1,6 l, który dostosowany jest do spalania czystego etanolu (E100). Z takim silnikiem od roku 2005 dostępne są na rynku brazylijskim modele 206 i 307. Samochodów z tym silnikiem sprzedano od rozpoczęcia produkcji ok. 60 tys. egzemplarzy.
Dla europejskiego rynku jednostkę dostosowano do spalania paliwa E85 i zapewniono, by spełniała normę emisji spalin Euro IV. Samochody z nowym silnikiem będą oznaczone jako BioFlex. Silnik o pojemności 1587 cm3 oferuje maksymalną moc 80-82 kW (110-112 KM) przy 5800 obr./min i maksymalny moment obrotowy 147-153 Nm przy 4000 obr./min. Różnica osiągów spowodowana jest zastosowanym paliwem. Producent podaje, że Peugeot 307 BioFlex emituje o ok. 5 procent mniej CO2, a w cyklu mieszanym podczas jazdy na E85 wypuszcza do atmosfery 169 g CO2 na kilometr, podczas gdy jadąc na benzynę bezołowiową emisje CO2 wynoszą 178 g/km.
Sprzedaż ekologicznego modelu rozpocznie się we wrześniu w Szwecji, Holandii i Francji. Producent stara się wesprzeć sprzedaż modelu 307 BioFlex ceną, która jest na poziomie porównywalnego modelu z silnikiem benzynowym. Oznacza to, że w państwach z ulgami podatkowymi dla samochodów spalających E85 mogą przyszli właściciele zaoszczędzić kilka groszy. Peugeot 307 BioFlex sprzedawany będzie za cenę 20 400 euro w wersji SW i 19 500 euro za wersję Break.