Obie wersje w wyposażeniu standardowym posiadają m.in. zamykane schowki w desce rozdzielczej, elektrycznie sterowane szyby i komputer pokładowy. Jednak ekologiczna wersja „spala” zaledwie 4.1l oleju napędowego na 100km. Aby obniżyć zużycie paliwa, inżynierowie Skody wprowadzili wiele modyfikacji, m.in. obniżyli masę, manualną skrzynię biegów zmodyfikowano wydłużając przełożenia, koło zapasowe zastąpiono zestawem naprawczym.Fabia Greenline może się również pochwalić niższą emisją CO2 o wartości 109g/km dla jednostki 1.4 TDI (jedyna oferowana w Polsce). Jest to zasługa zastosowania silnika z filtrem cząstek stałych, co jednak zwiększyło jej cenę do 53 600zł za wersję hatchback i 56 100zł za wersję kombi.