Następca Felicji zadebiutował w 1999 roku i od razy stał się europejskim przebojem. W ciągu 18 lat wyprodukowano w Mlada Boleslav oraz kilku innych fabrykach w różnych częściach świata, ponad 4 mln egzemplarzy.
Skoda Fabia pierwszej generacji wykorzystywała wiele komponentów z koncernu Volkswagen. Auto powstało na koncernowej platformie A0. W latach 1999-2007 wyprodukowano 1 790 000 egzemplarzy. Największym powodzeniem cieszył się pięciodrzwiowy hatchback i kombi, Dopełnieniem oferty był sedan, który jednak nie spełnił oczekiwań producenta i już nie pojawił się w kolejnych generacjach. Atrakcją była wersja RS z silnikiem wysokoprężnym 1.9 TDI o mocy 131 KM. W Kenii i Ugandzie model ten sprzedawany był pod nazwą Octavia.
Druga generacja Skody Fabia miała premierę podczas międzynarodowego salonu motoryzacyjnego w Genewie (marzec 2007 r.). Produkowana była przede wszystkim w wersji hatchback i kombi, ale dla uatrakcyjnienia oferty producent wprowadził wersje Scout i Monte Carlo. Do czerwca 2014 r. wyprodukowano 1 710 000 egzemplarzy.
Trzecia generacja Fabii zadebiutowała podczas międzynarodowego salonu motoryzacyjnego w Paryżu (październik 2014 r.). Auto, którego produkcja seryjna rozpoczęła się 28 sierpnia 2017 r. powstało na platformie PQ25, która wykorzystuje niektóre elementy płyty modularnej płyty MQB. W ofercie są dwie wersje nadwoziowe – pięciodrzwiowy hatchback i kombi oraz atrakcyjne wersje limitowane. W dniu 15 czerwca 2017 r. z taśmy fabryki w Mlada Boleslav wyjechał 500 000 egzemplarz najnowszej generacji, co należy uznać za duży sukces producenta i nadzieję na kolejny rekord.