Zasadnicze zmiany nastąpiły w 1996 roku, wraz z nadejściem modelu Škoda Octavia, którego pierwsza generacja produkowana jest do dzisiaj pod nazwą Octavia Tour. W 2004 roku Octavia została zmodernizowana, ale utrzymano produkcję wersji Combi, liftback, RS, Scout i Octavii 4x4. Jesienią 2008 roku po raz kolejny model został zmodernizowany.
Kolejny model Škoda Fabia miał swoją premierę podczas salonu samochodowego we Frankfurcie nad Menem w 1999 roku. Auto produkowane było w trzech wariantach nadwozia – hatchback, sedan i kombi. Druga generacja narodziła się w 2007 roku, ale już tylko w wersji hatchback i kombi.
Od roku 2001 Škoda Auto poszerzyła paletę produkcyjną o model Super, który w 2008 roku doczekał się drugiej generacji i rewolucyjnego systemu Twin Door.
O segment małych MPV w 2006 roku ofertę poszerzył model Roomster. Natomiast najnowszym modelem jest SUV Yeti, który miał swoją oficjalną premierę w Genewie, który trafi do sprzedaży w najbliższych tygodniach.Produkcja Škoda Auto w ramach VW GroupModelLiczba wyprodukowanych egzemplarzyProdukcja w latachFavorit768.690 egz.1991 – 1995Felicia1.420.441 egz.1994 – 2001Octavia Tour1.389.546 egz.1996 – nyníFabia1.788.063 egz.1999 – 2008Superb136.068 egz.2001 – 2008Octavia900.535 egz.2004 – nyníRoomster157.834 egz.2006 – nyníFabia II. gen.407.634 egz.2006 – nyníSuperb II. gen.31.189 egz.2008 – nyníCelkem7.000.000 egz.-