Panda Hydrogen jest prawdziwym prototypem samochodu na paliwo wodorowe charakteryzującym się mocnym systemem napędowym i, przede wszystkim, osiągami i przestronnością wnętrza porównywalnymi do standardowych modeli. Jest ona wynikiem wspólnej pracy Fiat Auto, Centro Ricerche Fiat oraz Fiat Powertrain Research & Technology wspieranych przez Ministerstwa Badań i Środowiska.
W przeciwieństwie do prezentowanych w przeszłości prototypów samochodów Fuel Cell, Panda Hydrogen jest przykładem systemu typu "Full Power" charakteryzującym się brakiem akumulatorów tradycyjnych służących do gromadzenia energii elektrycznej. Nowy system Fuel Cell jest w stanie wytworzyć całą niezbędną dla elektrycznego silnika trakcyjnego moc. Ta nowa generacja systemu Fuel Cell odznacza się bardzo wysoką wydajnością. System ten składa się głównie z trzech ogniw paliwowych firmy Nuvera (firma włosko-amerykańska, lider w produkcji ogniw paliwowych), z innowacyjnej turbodmuchawy zasilającej ogniwa powietrzem, z urządzenia nawilżającego i chłodzącego do właściwego zarządzania wchodzącymi w reakcję gazami, z serii komponentów pomocniczych.
W przypadku Pandy Hydrogen system Fuel Cell jest umiejscowiony pod podłogą. Ogniwa paliwowe składają się z kilku komór połączonych w szereg, w których cząsteczki wodoru i tlenu doprowadzane są do reakcji za pomocą katalizatora, wytwarzając wodę i ciepło oraz energię elektryczną, przy emisji na poziomie zerowym.
System wytwarzania energii elektrycznej jest zasilany wodorem o ciśnieniu około 1,5 bara i tlenem zawartym w powietrzu. Wytwarza on energię elektryczną osiągając 60% maksymalnego napięcia już przy 20% maksymalnej mocy. Pojemnik z wodorem o ciśnieniu 350 barów, który zasila Fuel Cell, zainstalowany jest pod podłogą z tyłu samochodu. Dzięki temu zachowane zostają wszystkie cechy charakterystyczne dla wnętrza nowej Pandy, włączając w to jej przestronność i miejsce dla 4 osób.
Jednostka napędowa osiąga maksymalną moc 60 kW, dzięki czemu samochód może osiągnąć maksymalną prędkość ponad 130 km/h, przy przyspieszeniu od 0 do 50 km/h w 5 sekund. Pojemność zbiornika wodoru w Pandzie Hydrogen zapewnia przejechanie ponad 200 km w cyklu miejskim. Czas tankowania jest bardzo krótki, poniżej 5 minut, porównywalny do tankowania samochodów na metan.
Fiat już od kilku lat aktywnie przyczynia się do rozwoju systemów napędowych Fuel Cell, czego dowodem był w roku 2001 debiut Seicento "Elettra H2 Fuel Cell", a następnie "Seicento Hydrogen".