Już o 14.05 nad torem w Spa-Francorchamps pojawiła się czerwona flaga, przerywająca drugi trening. Włoski kierowca Ferrari Luca Badoer miał problem z lewym przednim kołem, które zaczęło się palić. Sesję treningową wznowiono po czterech minutach.
Najlepszy czas drugiej sesji treningowej przed niedzielnym Grand Prix Belgii 2009 miał aktualny mistrz świata Brytyjczyk Lewis Hamilton. Tuż za nim uplasował się Timo Glock.Najwięcej okrążęń toru zaliczyli obaj kierowcy zespołu Brawn GP. Jenson Button, co prawda uzyskał siedemnasty czas tej sesji, ale zaliczył aż 37. okrążęń toru.
Grand Prix Belgii 2009 - II. trening
Poz. Nr Kierowca Zespół Czas Strata Okr.11Lewis HamiltonMcLaren-Mercedes1:47.201-29210Timo GlockToyota1:47.2170.0162934Kimi RäikkönenFerrari1:47.2850.08426414Mark WebberRBR-Renault1:47.3290.1283158Romain GrosjeanRenault1:47.3330.13234621Giancarlo FisichellaForce India-Mercedes1:47.5060.3052779Jarno TrulliToyota1:47.5590.3583385Robert KubicaBMW Sauber1:47.5780.37733911Jaime AlguersuariSTR-Ferrari1:47.5790.378361015Sebastian VettelRBR-Renault1:47.6020.401251112Sebastien BuemiSTR-Ferrari1:47.7020.50138122Heikki KovalainenMcLaren-Mercedes1:47.7430.542331320Adrian SutilForce India-Mercedes1:47.7900.58929147Fernando AlonsoRenault1:47.8620.661301517Kazuki NakajimaWilliams-Toyota1:47.9610.76032166Nick HeidfeldBMW Sauber1:48.0170.816301722Jenson ButtonBrawn-Mercedes1:48.1250.924341823Rubens BarrichelloBrawn-Mercedes1:48.1300.929371916Nico RosbergWilliams-Toyota1:48.3601.15929203Luca BadoerFerrari1:49.2112.01030