Jego ojciec był wrogiem nazizmu, więc Eberhard nie miał najmniejszych problemów z nauką i pracą po wojnie. To istotna informacja, bo alianccy administratorzy powojennych Niemiec byli bardzo wyczuleni na dopuszczanie do przemysłu ludzi związanych nawet odlegle z nazizmem. Von Kuenheim ukończył z wszelkimi możliwymi wyróżnieniami politechnikę monachijską i pracował tam do 36. roku życia jako wykładowca oraz konsultant przemysłu motoryzacyjnego. W roku 1965 rodzina Quandtów (główny udziałowiec BMW) zaprosiła go do współpracy na stanowisku zastępcy naczelnego inżyniera. W 5 lat potem został generalnym dyrektorem wykonawczym i prezesem zarządu. Od tej pory aż do 1993, gdy objął pozycję szefa rady nadzorczej BMW, doprowadził firmę z pozycji renomowanego, ale lokalnego wytwórcy silników i ekskluzywnych samochodów do roli jednego z największych graczy świata motoryzacji. Odmładzał konsekwentnie kadrę kierowniczą i wiedziony wizją potęgi marki wprowadzał do produkcji nowe modele, dzięki którym BMW zyskiwało wciąż nowe rzesze fanów i klientów. To jego decyzją w roku 1987 na rynek powrócił silnik V12, którego nikt już nie produkował. Kultura pracy tej jednostki przebiła legendę Bugatti - w dniu prezentacji nowego silnika wszystkie salony BMW wzbogaciły się o kosze 5-markowych monet. Służyły one do demonstrowania równości pracy 12 cylindrów. Ustawiona na sztorc na pracującym i przegazowywanym silniku moneta nie przewracała się.