Struktura nadwozia Škody Yeti została określona za pomocą różnie ukształtowanych sekcji zbudowanych z materiałów o różnej wytrzymałości. Zastosowanie wysokowytrzymałych materiałów zapewnia dużą sztywność nadwozia, zwłaszcza kabiny. Jej wytrzymałość jest podstawą bezpieczeństwa we wszelkiego rodzaju wypadkach. Przód i tył samochodu ze strefami progresywnego zgniotu sprawiają, że energia zderzenia jest pochłaniana w największym możliwym stopniu.
Specjalny sposób osadzenia silnika gwarantuje, w przypadku zderzenia o dużej energii silnik skierowany zostanie pod kabinę. Budowa kolumny kierownicy ogranicza zakres przemieszczania się koła kierownicy do wnętrza samochodu podczas zderzenia czołowego, a zespół pedałów oddala się wtedy od nóg kierowcy. Budowa i kształt przedniej części nadwozia zostały tak dobrane, by spełniać wymogi ochrony pieszych. Zakres ochrony pieszego Yeti odpowiada dyrektywom Unii Europejskiej co zostało dowiedzione podczas licznych testów.
Elementy kabiny, które podczas wypadku mogą mieć kontakt z ciałem pasażerów - deska rozdzielcza, panele drzwiowe i słupki B, zostały zaprojektowane tak, aby zapewnić maksimum ochrony przed zranieniem. Progi, słupki i rama dachu o solidnej konstrukcji mają niezbędną wytrzymałość. Próg u nasady słupka B został wzmocniony, by uzyskać większą sztywność. Rama przednich drzwi z trzema bocznymi wzmocnieniami oraz rama tylnych drzwi z jednym wzmocnieniem, zostały usztywnione i są w stanie pochłonąć energię zderzenia bocznego.
Układ poduszek i pasów bezpieczeństwa ogranicza bezwładny ruch ciała podczas zderzenia. Jego zadaniem jest ograniczenie skutków kontaktu części ciała z nieruchomymi częściami samochodu. W Yeti wszystkich pięć foteli jest wyposażonych w trzypunktowe pasy bezpieczeństwa. Pasy przy przednich fotelach są wyposażone w napinacze pirotechniczne i w ograniczniki siły napięcia. Zagłówki typu WOKS z regulacją wysokości ustawienia w przednich fotelach zostały tak zaprojektowane, aby pod wpływem zderzenia w tył samochodu nie doszło do uszkodzenia szyjnego odcinka kręgosłupa.
Standardowo model Yeti jest wyposażony w 4 poduszki bezpieczeństwa, opcjonalnie może ich posiadać maksymalnie 9. Duża pojemność poduszki kierowcy i pasażera, poduszek bocznych oraz poduszki kolanowej kierowcy zapewniają skuteczną ochronę przed obrażeniami. Tylne boczne poduszki są umieszczone w bokach oparć zewnętrznych foteli. Podobnie jak boczne poduszki przednie, chronią miednicę i klatkę piersiową osób jadących na tylnych zewnętrznych fotelach. Kurtyny powietrzne tworzą zasłonę, która zakrywa boczne okna i strukturę wnętrza samochodu od słupka A z przodu do słupka C z tyłu, chroniąc głowy osób jadących zarówno z przodu jak i z tyłu.
Škoda Yeti jest standardowo wyposażona także w sygnalizację nie zapiętych pasów bezpieczeństwa kierowcy i pasażera. System mocowania fotelików dziecięcych Isofix na tylnych fotelach zapewnia wysoki poziom bezpieczeństwa. Dodatkowo uchwyty do mocowania bagażu i siatka w komorze bagażnika zapobiegają przesuwaniu się przedmiotów w samochodzie.
Inne elementy zwiększające zakres bezpieczeństwa podróżujących osób i zapobiegające dalszym uszkodzeniom auta w razie wypadku są wyzwalane sygnałami magistrali danych CAN w momencie uaktywnienia poduszek powietrznych. Ich reakcją jest wyłączenie pompy paliwowej i zablokowanie dopływu paliwa oraz odcięcie wybranych obwodów elektrycznych co zapobiega pożarowi w przypadku uszkodzenia układu.
