Przede wszystkim rdza. Blachy, na szczęście, trzymają się zazwyczaj nieźle, ale pod spodem często mamy do czynienia już ze sporym spustoszeniem. Zawsze przed zakupem warto więc wziąć Yarisa na podnośnik/kanał i dokładnie obejrzeć podwozie.
Narzekać można też m.in. na wnętrze – czasami trzeszczące, nieprzesadnie obszerne z tyłu i wykonane z plastików o jedynie przeciętnej jakości. Zdarzają się problemy ze sprzęgłem i jego łożyskiem, silnik 1.0 R3 ma przeciętną kulturę pracy, po dużym przebiegu może zacząć brać olej, choć jak na silnik R3 nie wypada źle. Polecamy znany z poprzednika motor 1.3 – trwały i wystarczająco dynamiczny. Później zastąpiono go wersją 1.33 (przeciętny). Dobrze wypada diesel 1.4 D-4D.