Ale ten proces wiąże się z czterokrotnie większą emisją gazów cieplarnianych w porównaniu ze zwykły dieslem. Jak twierdzi Anna Stephenson z uniwersytetu w Cambridge to właśnie sposób w jaki hodowane są algi decyduje o ekologiczności biodiesla z alg. Badaczka rozwinęła model komputerowy, który szacuje ślady węgla z produkcji, udoskonalania i spalania paliwa z alg.
Kiedy algi są hodowane w specjalnych rurach energia potrzebna do ich "pompowania", aby zapewnić odpowiednie naświetlenie porównywalne z promieniami słonecznymi wiąże się z emisją węgla 320 g/MJ ekwiwalentu paliwa. Dla porównania w przypadku tradycyjnego oleju napędowego proces wytworzenia i spalenia to 86 g/MJ. Sposobem na rozwiązanie tego problemu może być wzrost alg w otwartych basenach, produkcja biodiesla w ten sposób daje wynik 19 g/MJ. Niestety, ten proces ma poważne wady. Oprócz parowania wody z basenu, które powoduje, że algi są niedostatecznie nawodnione, minusem są również niższe plony paliwa w porównaniu z tymi z rur, w których algi mają lepszą ekspozycję do światła.
Być może ta sytuacja się zmieni. Zainteresowanie biopaliwem z alg wykazują Exxon Mobil i Synthetic Genomics, które wyłożyły 600 mln dolarów na badania związane z hodowlą alg. Te firmy chcę stać się pionierem technologii, która w ciągu kilku lat może obniżyć koszty produkcji biodieslaznacznie poniżej kosztów produkcji oleju napędowego w tradycyjny sposób. Rozwiązaniem mogą być zamknięte reaktory, w których cyrkulacja alg będzie wiązała się z małym wydatkiem energii. Trwają już prace nad metodą zużywającą zaledwie 4 proc. energii, która pochłaniana jest przez konwencjonalne reaktory rurowe.