Rozporządzenie Ministra Finansów zmniejszające wysokość ulgi w podatku akcyzowym było bezpośrednią przyczyną decyzji o wstrzymaniu produkcji i sprzedaży biodiesla z dwudziestopropcentową zawartością estrów. W tej sytuacji banki kredytujące Spółkę, właściciela nowoczesnej instalacji do produkcji biopaliwa zażądały dodatkowych zabezpieczeń na majątku Trzebini.
Nadzwyczajne Walne Zgromadzenie Rafinerii Trzebinia S.A. udzieliło zgody na ustanowienie dodatkowych zabezpieczeń na majątku Rafinerii Trzebinia. Zabezpieczenia te to hipoteki na nieruchomościach będących w użytkowaniu wieczystym Rafinerii oraz zastawów rejestrowych na rzeczach ruchomych stanowiących ciąg technologiczny służący do produkcji estrów metylowych i gliceryny.
Zabezpieczenia mają być ustanowione na rzecz Banku PEKAO S.A oraz Banku BPH S.A. na zabezpieczenie umów kredytowych zawartych z tym bankami. Warunkiem ustanowienia zabezpieczeń jest zawarcie do dnia 28 lutego 2007 roku przez Rafinerię Trzebinia S.A. porozumienia z PKN Orlen S.A oraz wspomnianymi bankami.
PKN Orlen jako inwestor strategiczny aktywnie włączył się w proces poprawy sytuacji finansowej Trzebini. Obecnie prowadzone są rozmowy ze wspomnianymi bankami, dotyczące formy zabezpieczeń i gwarancji ze strony PKN Orlen.