Popularny sedan Skoda 1000 MB powstawał nie tylko w tej najbardziej znanej wersji. Stworzono wiele interesujących prototypów, które jak m.in. kombi, nigdy nie trafiły do produkcji seryjnej. Natomiast produkowana była wersja dwudrzwiowa MBX.
Historia wersji dwudrzwiowej MBX rozpoczęła się w 1960 roku, gdy w Kvasinach powstały dwa prototypy Skoda 990 Tudor. Zachowały one wnętrze sedana, ale miały większe drzwi i bardziej przeszklone nadwozie.
Skoda 1000 MBX De Luxe po raz pierwszy została publicznie zaprezentowana 10 marca 1966 roku podczas międzynarodowego salonu samochodowego w Genewie. Do napędu zastosowano czterocylindrowy silnik o ;pojemności skokowej 988 cm3 i mocy 52 KM przy 5000 obr./min, który pozwalał na rozwijanie maksymalnej prędkości 127 km/h, przy średnim zużyciu 7,8-8,0 l/100 km benzyny. Standardowo montowana dwa gaźniki Jikov, ale także w produkcji znalazła się wersja z jednym gaźnikiem. Auto miało masę własną 815 kg.
Produkcja tego modelu wymagała dużego nakładu prac z udziałem człowieka i dlatego ulokowano ją w oddzielnym pomieszczeniu fabryki w Mlada Boleslav, by nie powstrzymywać produkcji seryjnej modelu 1000 MB. Ostatnich 20 egzemplarzy zmontowano na początku 1968 roku, a łącznie wersji z tym silnikiem powstały 1403 egzemplarze.
W listopadzie 1967 roku ofertę Skody wzbogaciła dynamiczniejsza wersja 1100 MBX De Luxe, która napędzana była czterocylindrowym silnikiem o pojemności skokowej 1107 cm3 o identycznej mocy 52 KM i maksymalnym momencie obrotowym zwiększonym z 75,5 Nm do 81,4 Nm.
Do 1969 roku wyprodukowano 1114 egzemplarzy, a oby wersji MBX powstało tylko 2517 egzemplarzy. Skoda 1000/1100 MB zaliczana jest do sukcesów rynkowych producenta z Mlada Boleslav. Wyprodukowano 443 156 egzemplarzy.