Wersja Ultimate Edition napędzana będzie sprawdzonym i uznanym silnikiem VTEC o pojemności 2,0 litra (max. 9000 obr. / min.).
Nadwozie w kolorze Grand Prix White zestawiono z grafitowymi felgami ze stopów metali lekkich.
Odcień lakieru ma przywodzić na myśl kolorystykę pierwszego bolidu F1 Hondy z 1964 roku oraz wiele późniejszych, sportowych modeli firmy.
Kombinacja jasnego nadwozia, ciemnych, aluminiowych felg oraz unikalnej, czarnej plakietki S2000 podkreśla sportowy charakter ponadczasowej sylwetki słynnego roadstera.
Utrzymana w białej tonacji kolorystyka nadwozia doskonale komponuje się z klimatem wnętrza, który tworzy czerwona, naturalna skóra oraz dobrane do niej obszycia na mieszku dźwigni zmiany biegów. Wersję Ultimate Edition wyróżnia także fakt, iż każdy egzemplarz otrzymuje indywidualny numer porządkowy, umieszczony na dekoracyjnych listwach progowych.
Jak sugeruje nazwa, Honda S2000 Ultimate Edition będzie ostatnią wersją popularnego modelu przed całkowitym zaprzestaniem jego produkcji pod koniec czerwca 2009 roku.