Japońska wersja Hondy Civic Type R wyraźnie różni się od wersji europejskiej. Nie tylko, że bazuje na 4-drzwiowej wersji sedan, ale również moc wolnossącego 2-litrowego silnika jest większa o 24 koni. Samochód zestrojono jeszcze ostrzej, by jego właściciel mógł częściej korzystać z niego na torze wyścigowym. Chociaż japoński Civic Type R to prawdziwy hardcore, Honda musiała przyjąć kilka kompromisów, żeby samochód nadawał się również do codziennej eksploatacji. O kompromisach nie musi myśleć Mugen, który przygotował modyfikacje ostrego sedanu.
Zaskakujące jest, że tym razem Mugen w mały stopniu skupił się na wyglądzie auta. Z przodu znajdziemy nową atrapę chłodnicy, nakładkę zderzaka i maskę silnika z wydechami gorącego powietrza. Profil pozostał bez zmian, a z tyłu znajdziemy niewielki dyfuzor i specjalne skrzydło na klapie bagażnika. Fotele można wymienić za skorupy, do dyspozycji jest także rękojeść lewarka zmiany biegów i zestaw pomocniczych wskaźników informujących o ciśnieniu i temperaturze oleju i płynu chłodzącego.
W wypadku Civica Type R Mugen przygotował także liczne modyfikacje techniki. Do dyspozycji jest nowy kolektor dolotowy, układ wydechowy, tarcze hamulcowe i dwa rodzaje klocków hamulcowych (sportowe i wyczynowe). Właściwości jezdne poprawią nowe elementy zawieszenia i 7-ramienne koła Mugen. Nie brakuje wysokociśnieniowego termostatycznego zaworu układu chłodzenia, specjalnego filtru oleju, sportowego oleju i płynu hamulcowego.
Do typowo stylistycznych akcesoriów należy markowa pokrywa głowicy cylindrów i korek wlewu paliwa. W ofercie nie brakuje też nalepek z logo tunera i kilka drobnych akcesoriów.