Nowa Skoda Fabia przy kompaktowych wymiarach zewnętrznych posiada wnętrze, mieszczące pięć osób i ich bagaż. Wobec poprzednika zwiększono przestronność zarówno wszerz, wzdłuż, jak i wzwyż. Choć nowa generacja czeskiego bestselleru jest o 8 mm krótsza od poprzedniczki, długość wnętrza została powiększona o około 8 mm, do 1674 mm. Jest także 21 mm więcej miejsca na łokcie z przodu (teraz to razem 1401 mm) i 2 mm z tyłu (powiększenie do wartości 1 386 mm).
Nowa Fabia może pochwalić się także sporą pojemnością bagażnika, oferując 330 litrów. Jest to o 15 litrów więcej niż dotychczas i zdecydowanie więcej niż u któregokolwiek z konkurentów. Po złożeniu tylnych siedzeń zdolności przewozowe rosną do 1150 litrów. Dostęp do tylnej kanapy jest komfortowy dzięki dużemu otworowi o szerokości 1098 mm, pokrywa bagażnika otwiera się do 1915 mm, a niska krawędź załadunkowa ułatwia umieszczenie bagażu. Przestrzeń ładunkowa ma aż 960 mm szerokości - to o 20 mm więcej niż miała poprzednia generacja Fabii.
Kolejną przydatną funkcją jest system SmartGate, umożliwiający transfer najważniejszych informacji o samochodzie - jego zużycia paliwa, średniej prędkości, kosztów aplikacji - do aplikacji smartfona w celu przechowywania i wykorzystania poza samochodem. Przesył danych jest bezprzewodowy dzięki wykorzystaniu sieci wi-fi.
Wprowadzono wiele przemyślanych rozwiązań, ułatwiających codzienną eksploatację: skrobaczkę do szyb schowaną w schowku wlewu do baku, miejsce na urządzenia multimedialne w konsoli środkowej, gdzie można wygodnie odłożyć swój telefon albo odtwarzacz muzyki. W drzwiach kierowcy znajduje się schowek na kamizelkę odblaskową, obowiązkową w wielu krajach. W kabinie znalazł się także pojemnik na odpadki, a na krawędziach siedzeń - siatki do przechowania małych przedmiotów. Nowa Fabia zapewnia też więcej miejsca na butelki. Tylne drzwi pomieszczą półlitrowe butelki, a schowek w desce rozdzielczej pomieści litrową. Razem we wnętrzu jest więc miejsce na aż siedem butelek: po jednej na każde z drzwi, na jedną w schowku deski rozdzielczej i na dwie w tunelu środkowym.
W samochodzie znajduje się uchwyt na bilet parkingowy w słupku A koło kierowcy, a bagażnik można wyposażyć w dwa haki i dwie siatki ułatwiające utrzymanie porządku i bezpieczne przewiezienie ładunku. Ponadto przednie światła przeciwmgielne wyposażono w funkcję doświetlania zakrętów, co poprawia bezpieczeństwo jazdy.